本作首次將鋼彈系列的舞台放到了名為「宇宙紀元」的世界中，在這個時空下，人類分為在地球土生土長的「自然人」以及被稱為「調整者」的基因改造人類。故事劇情的主要矛盾衝突由自然人對調整者的能力的嫉妒和憎惡派生，進而產生仇恨，最終幾乎所有調整者都移民到了外太空，在由他們自己設計名為P.L.A.N.T的巨大軌道空間殖民地內，自號為「P.L.A.N.T」並過著田園詩般的生活。但是地球和P.L.A.N.T之間最終還是爆發了戰爭。